1978年初，在时任全国人大常委会副委员长廖承志同志的亲切关怀和倡议下，党和国家作出了复办暨南大学并创办暨南大学医学院的决定，同时决定在广州建立一所具有现代医疗设施的华侨医院，作为暨南大学医学院的附属医院。

1978年9月，国家教委正式批准成立暨南大学医学院，行政级别为副厅级单位。为使创建医学院和广州华侨医院的工作顺利进行，广东省委调中山医学院原教务长、著名药理学家罗潜教授，中山医学院第一附属医院原副院长伍汉邦同志、广东省高教厅原副处长刘希正等同志来暨南大学工作。罗潜教授担任医学院首任院长，刘希正同志任党委书记，副院长由刘希正（兼）、姜贯中和伍汉邦同志担任，副书记由陈慧同志担任。设立临床医学专业，学制定为六年，并招收了132位临床医学专业的本科学生，其中香港学生35人，澳门学生22人，越南侨生2人，秘鲁侨生1人，美国侨生1人，国内学生71人。10月16日，132位临床医学专业的新生全部报到并参加了学校举行的开学典礼。时任广东省第二书记的习仲勋同志出席开学典礼并讲话，他鼓励师生们要努力奋斗，把暨南大学办成有特色的高水平华侨大学。

暨南大学医学院是国务院侨办根据国家侨务工作的需要和海外侨胞的要求所创办的，全国第一所面向海外、面向港澳台地区招生的综合性大学医学院，学院的建立开创了我国高等教育中综合大学首办医学院的先河。

为了建立高水平的师资队伍，学院根据中共中央组织部下达的（97）干调字470号文件精神，在全国范围内选调师资，组建优秀的教师队伍。至1983年止，全院共有教职员工290人，其中教授20人，副教授58人，讲师63人。一批知名的专家，如药理学家罗潜教授，病理生理学家李楚杰教授，外科学专家邝公道教授，传染病学专家朱师晦教授，内科（血液病）学专家郁知非、张爱诚教授，生物化学家任邦哲教授，眼科学专家李辰、徐锦堂教授，组织胚胎学专家何凯宣教授，护理学专家黄爱廉主任，中国科学院学部委员、病理学家杨简教授等加盟医学院。

1980年，经国家教委批准，生物化学、内科血液病学、眼科学招收了首届研究生。

1981年，获批设立药理学、生理学硕士学位授权点。

1982年，经国务院侨办批准，成立血液病学研究室。同年创办口腔医学系，招收六年制口腔医学本科生。

1983年，与德国、美国、加拿大和英国的大学建立院际合作关系。同年，解剖学获批设立硕士学位授权点。

1984年，获批设立内科学血液学博士学位授权点。同年，医学院在世界卫生组织注册，毕业生可直接申请参加世界各国的“临床医生执照注册考试”，确立了外向型医学院的地位。

1985年，经国家教委批准成立发热研究室。同年，病理学获批设立硕士学位授权点；时任医学院院长、中国病理生理学副理事长的李楚杰教授受学会委托在医学院创办《中国病理生理杂志》，并担任杂志主编。 

1986年，获批设立病理生理学、寄生虫学、免疫学、外科学、 妇产科学、耳鼻喉科学、皮肤病与性病学、影像医学与核医学等硕士学位授权点，眼科学博士学位授权点。

1987年，成立英国皇家热带医学暨卫生学会中国分会，冷延家教授担任中国分会会长。

1990年，获批设立妇产科学博士学位授权点。

1991年，经国务院侨办批准，成立眼科研究室。

1993年，病理学（实验肿瘤学）、眼科学获国务院侨办批准成为重点学科。

1998年，建立医学院护理系。

1999年，建立医学院中医学系。

2001年，成立医学院伤害预防控制中心。

2002年，组建广东省病理生理学会，挂靠医学院，李楚杰教授担任首届理事长。

2003年，获批建立国家中医药管理局病理生理学重点实验室，陆大祥教授担任实验室主任。

2004年，病理学与病理生理学获批设立博士学位授权点。同年，综合性大学医学教育研究会成立并挂靠医学院，时任医学院院长的宿宝贵教授担任首届理事长。

2006年，获批中西医结合一级博士学位授权点。

2007年，成立暨南大学脑科学研究所，时任暨南大学副校长的陆大祥教授兼任所长，该研究所于2008年与香港大学脑与认知科学国家重点实验室合作成立暨南大学-香港大学脑功能与健康联合实验室。同年，病理学与病理生理学获批为广东省重点学科，并与中医学系联合申请，获批设立中西医结合博士后流动站。

医学院自创办以来，先后有罗潜、刘希正、姜贯中、伍汉邦、陈慧、李楚杰、张纫华、关汉夫、徐锦堂、王声湧、张大钊、陈文昌、李善民、司徒锐、卢乃湄、张金华、洪令煌、汪明春、李久香、揭德炳、陆大祥、宿宝贵、张洹、马绍斌、谭玲、王燕菊、宋翠莲、敖杰男、王继群、陈利国、罗焕敏、王华东、陈金纯、柏志全、马洁、陈席等担任学院党政领导。

在几代暨南人的努力下，尤其是在1996年伴随着暨南大学进入全国100所重点大学建设的行列，医学院也进入了发展的快车道。2015年，暨南大学医学院成为国家卫计委、教育部在全国共建的20所医学院之一。建院40年来，医学院共培养来自世界各地以及港澳台地区的各类学生1万余名，其中澳门70%的医务人员，香港170余名的注册医师毕业于暨南大学医学院。

2016年9月，为推动暨南大学医学学科的进一步发展，暨南大学医学院进行调整，成立基础医学院、临床医学院、口腔医学院、中医学院、护理学院，并成立暨南大学医学部协调相关工作。

2020年11月，为适应后疫情时代医学教育的发展，推动基础与预防融合，服务于健康中国战略，经学校批准，基础医学院更名为基础医学与公共卫生学院。